יש טענה כי במשך שנים רבות היה כפל סמכויות ואי בהירות באשר לתכנון משק המים, כאשר הנושא טופל על ידי מספר גורמים ציבוריים.
+
+
במשך שנים רבות הוכתבה מדיניות המים של ישראל על ידי משרד החקלאות, שהושפע מלחצים של הלובי החלקאי. בשנים האחרונות היה קיצוץ במים הניתנים לחקלאות, במקביל לירידת כוחם של החלקאים בהשפעתם על הפוליטיקה בכלל ועל משק המים בפרט. האחריות לנושא המים עברה למשרד התשתיות, ומוכתבת בפועל גם על ידי משרד האוצר במסגרת [[חוק ההסדרים]], דוגמה מפרוסמת לנושא זה היתה התנגדות משרד האוצר לקידום תהליכי ההתפלה לאחר החורף הגשום של 1991.