במובנים רבים כלכלת מערכות היא שילוב של תובנות מהכלכלה האקולוגית (בדבר חשיבות התרמודינמיקה למתהליכים פיזיים וכאלו הנוגעים למידע), ובין התפיסה המוסדית, המנסה להסתכל על הכלכלה במבט כולל יותר.
+
+
* '''כלכלה מוסדית''' - כלכלה נאו קלאסית מניחה כי "מוסדות אינם חשובים" או כי הם נתונים מראש. לדוגמה היכולת לבצע עסקה , או קביעה של נורמות מוסריות או נורמות לגבי טעמים. כלכלה מוסדית מנסה לתאר "איך נקבעים חוקי המשחק" כאשר לאחר שאלו נקבעים, ניתן לדבר על הניתוח הנאו קלאסי כאשר המוסדות נתונים.
+
+
כלכלת מערכות יכולה להכיל את הכלכלה המוסדית בהתייחסה להתפתחות של מוסדות פשוט כאל עוד מקרה של התפתחות של תת מערכת, כמו ההתפתחות, השינוי, היצירה והתפרקות של מערכות אחרות. מוסדות לכן הן מקרה פרטי של מערכת.
+
+
* '''כלכלה אקולוגית''' - כלכלה אקולוגית מנסה להגיע להבנה טובה יותר של מארג היחסים בין הכלכלה לבין האקולוגיה והפיסיקה במטרה להגיע לכלכלה בת קיימא. ההתנגשות בין עולם התפיסתי של הכלכלנים לבין זה של האקולוגים ומי שעוסק בתחומים קרובים נגרם מכך שאקולוגים חוקרים ברוב התחום שלהם מערכות מורכבות, ואין להם ברירה אלא להתייחס למורכבות זו.